《国家税务总局关于纳税人资产重组有关增值税问题的公告》(国家税务总局公告2011年第13号)规定：“纳税人在资产重组过程中，通过合并、分立、出售、置换等方式，将全部或者部分实物资产以及与其相关联的债权、负债和劳动力一并转让给其他单位和个人，不属于增值税的征税范围，其中涉及的货物转让，不征收增值税。”
基于此规定，应注意以下二点：
(1)通过合并、分立、出售、置换等方式，将全部或者部分实物资产以及与其相关联的债权、负债和劳动力一并转让给其他单位和个人，不属于增值税的征税范围。
本规定有关键词有两个，即“实物资产”和“一并”。就是说资产重组的纳税人，在合并、分立、出售、置换过程中，必须将实物资产以及与其相关联的债权、负债和劳动力“一并”转让给其他单位和个人。也就是说，必须是转让企业全部产权的资产重组，即转让企业全部产权涉及的应税货物的转让，才是不属于增值税的征税范围，不征收增值税。否则是单纯的资产转让行为或资产收购，无论单笔转让的资产金额多大，都应当征收增值税。因此，在实践当中，“吸收合并”涉及的应税货物的转让，不征收增值税。资产收购或资产转让或整体资产转让都应当征收增值税。
例如，A企业持有B企业100%的股权。2015年5月，A企业和C企业签订了一份吸收合并企业协议，协议约定，A企业将其持有B企业的全部产权转让给C企业后，B企业注销。B企业全部资产、债权、债务和劳动力转移到C企业，B企业注销是一种吸收合并行为，这一行为应适用《国家税务总局关于纳税人资产重组有关增值税问题的公告》(国家税务总局公告2011年第13号)的规定，不征收增值税。
如果B企业将其全部资产、转让给C企业，以换取C企业股权和非股权支付，B企业并不注销，则是C企业收购B企业资产的行为，这一行为实际属于整体资产转让，B企业在资产转让中，涉及应税货物所有权的转移，应照章征收增值税。
(2)无论是全部产权转让的资产重组交易，还是部分产权转让的资产重组交易，涉及的应税货物的转让不属于增值税的征税范围。转让企业全部产权是整体转让企业资产、债权、债务及劳动力的行为;转让企业部分产权是部分转让企业资产、债权、债务及劳动力的行为。
例如，A企业持有B企业100%的股权。2015年5月，A企业和C企业签订了一份吸收合并企业协议，协议约定，A企业将其持有B企业的全部产权转让给C企业后，B企业注销。但合并协议中约定，部分资产、债权、债务由A企业承担，其他资产、债权、债务和劳动力全部转移到C企业。这一行为稍微复杂，根据协议的约定，B企业部分资产、债权、债务由A企业承担，实际上属于A企业收购B企业资产行为，涉及到B企业应税货物所有权转移到A企业的，应照章征收增值税。其他资产、债权、债务和劳动力转移到C企业的，属于C企业部分吸收合并B企业，不征收增值税。

　　《国家税务总局关于纳税人资产重组增值税留抵税额处理有关问题的公告》(国家税务总局公告2012年第55号)第一条规定：“增值税一般纳税人(以下称“原纳税人”)在资产重组过程中，将全部资产、负债和劳动力一并转让给其他增值税一般纳税人(以下称“新纳税人”)，并按程序办理注销税务登记的，其在办理注销登记前尚未抵扣的进项税额可结转至新纳税人处继续抵扣，”。基于此规定，只有在增值税一般纳税人在资产重组过程中，必须把全部而不是部分资产、负债和劳动力一并转让给其他增值税一般纳税人(以下称“新纳税人”)，而且转让后必须是按程序办理注销税务登记的，才可以将留抵增值税结转新纳税人抵扣。对于企业只是将部分资产、负债和劳动力一并转让给其他增值税一般纳税人，是不能进行留抵税额的结转抵扣的。

　　《财政部国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》(财税字[1995]048号)第三条规定：“在企业兼并中，对被兼并企业将房地产转让到兼并企业中的，暂免征收土地增值税。”基于此规定，在公司合并中，被合并企业将房产和土地转让到合并企业中的，暂免征收土地增值税。

　　《财政部、国家税务总局关于企业改制过程中有关印花税政策的通知》(财税[2003]183号)第二条规定：“以合并或分立方式成立的新企业，其新启用的资金账簿记载的资金，凡原已贴花的部分可不再贴花，未贴花的部分和以后新增加的资金按规定贴花。”

　　在企业合并中，合并企业的支付可能是股权支付和非股权支付的结合或者是纯粹股权支付或非股权支付。从税收方面分析，对于合并方来说，主要是一种支付行为，所以一般不涉及税收问题，如果合并方涉及非货币性资产支付，则一般需要按照视同销售进行处理;对于被合并方来说，企业被合并注销后，企业资产被兼并转移，企业股东获得收入，因此，被合并企业涉及资产转移的税收问题。
根据财税〔2009〕59号文件第四条第四项规定，，除符合本通知规定适用特殊性税务处理规定的外，企业合并，当事各方应按下列规定，即一般性税务处理：
(1)合并企业应按公允价值确定接受被合并企业各项资产和负债的计税基础。
(2)被合并企业及其股东都应按清算进行所得税处理。
(3)被合并企业的亏损不得在合并企业结转弥补。
　　案例：
甲公司合并乙公司，乙公司被合并时账面净资产为6000万元，评估公允价值为7000万元。乙公司的股东收到合并后甲公司股权支付5000万元，其他非股权支付2000万元。同时乙公司的账上还有100万元亏损没有进行弥补，请分析甲公司和乙公司的相关税务处理。
　　分析：
在此项合并中，甲公司接受乙公司的净资产应按公允价值7000万元作为计税基础进行入账。乙公司资产评估增值1000万元需要按规定缴纳企业所得税，税后按清算分配处理。乙公司的100万元不能够在合并方甲公司进行继续弥补。

　　(1)企业合并的特殊性税务处理的条件
根据财税〔2009〕59号文件第五条规定，企业重组同时符合下列条件的，适用特殊性税务处理规定：
1、具有合理的商业目的，且不以减少、免除或者推迟缴纳税款为主要目的。
2、被收购、合并或分立部分的资产或股权比例符合本通知规定的比例。
3、企业重组后的连续12个月内不改变重组资产原来的实质性经营活动。
4、重组交易对价中涉及股权支付金额符合本通知规定比例。
5、企业重组中取得股权支付的原主要股东，在重组后连续12个月内，不得转让所取得的股权。
　　(2)企业合并的特殊性税务处理
企业合并，企业股东在该企业合并发生时取得的股权支付金额不低于其交易支付总额的85%，以及同一控制下且不需要支付对价的企业合并，可以选择按以下规定处理：
1、可以选择对交易中股权支付暂不确认有关资产的转让所得或损失。
2、合并企业接受被合并企业资产和负债的计税基础，以被合并企业的原有计税基础确定。
3、被合并企业合并前的相关所得税事项由合并企业承继。
4、可由合并企业弥补的被合并企业亏损的限额=被合并企业净资产公允价值×截至合并业务发生当年年末国家发行的最长期限的国债利率。
5、被合并企业股东取得合并企业股权的计税基础，以其原持有的被合并企业股权的计税基础确定。
　　(3)在特殊性税务处理中，非股权支付额要纳税
财税〔2009〕59号文件第六条第六项规定，重组交易各方按规定对交易中股权支付暂不确认有关资产的转让所得或损失的，其非股权支付仍应在交易当期确认相应的资产转让所得或损失，并调整相应资产的计税基础。
非股权支付对应的资产转让所得或损失=(被转让资产的公允价值-被转让资产的计税基础)×(非股权支付金额÷被转让资产的公允价值)。
　　案例：
甲企业合并乙企业，乙企业被合并时账面净资产为5000万元，评估公允价值为6000万元。乙企业股东收到合并后企业股权5500万元，其他非股权支付500万元，假如乙企业股东原投入乙企业的股权投资成本为4000万元，请分析有关的税务处理。
　　分析:
1、由于股权支付额占交易支付总额比例为92%(5500÷6000×100%)，超过85%，因此，双方可以选择特殊性税务处理，即资产增值部分1000万元不缴纳企业所得税。同时，甲乙双方的股份置换也不确认转让所得或损失。假设此比例不超过85%，则资产增值部分1000万元要缴纳企业所得税250万元，股份支付也要确认所得或损失。
2、由于乙企业股东取得新合并企业股权5500万元，取得非股权500万元，而且乙企业股东原投入乙企业的股权投资成本为4000万元，则增值2000万元(5500+500-4000)。股东取得的非股权收入500万元对应的转让所得为：500÷6000×2000=166.7(万元)。
3、根据财税〔2009〕59号文件第六条第四项“被合并企业股东取得合并企业股权的计税基础，以其原持有的被合并企业股权的计税基础确定”的规定，股东取得新股的计税成本不是5500万元，而是3666.7万元(4000-500+166.7)。
4、根据财税〔2009〕59号文件第六条第四项规定，企业合并，企业股东在该企业合并发生时取得的股权支付金额不低于其交易支付总额的85%，以及同一控制下且不需要支付对价的企业合并，可以选择按以下规定处理：
(1)合并企业接受被合并企业资产和负债的计税基础，以被合并企业的原有计税基础确定。
(2)被合并企业合并前的相关所得税事项由合并企业承继。
因此，在上例中，甲企业合并乙企业，尽管乙企业净资产的公允价值为6000万元，但其账面价值为5000万元，合并后的企业只能以5000万元作为接受资产的计税基础。
来源：新三板合作 北京华沛德权律师事务所